Andøy Havn skal sørge for en rasjonell og effektiv havnedrift, tilrettelegge for effektiv og miljøvennlig sjøtransport, føre tilsyn med trafikken i Andøy kommunes havnedistrikt og forvalte Andøy havnekasses eiendommer, innretninger og andre aktiva med sikte på en best mulig ressursutnyttelse for havnens brukere og kommunen.