Værøy Båtforening har som formål å samle alle fritidsfiskere og båtinteresserte i kommunen. Foreningen skal arbeide aktivt for å fremme og beskytte fritidsfiskernes hevdvunne rettigheter på havet. Foreningen skal samarbeide lokalt og regionalt med andre foreninger med felles interesser, og med lokale og reginale myndigheter. Den skal arbeide aktivt for et godt miljø for alle som ferdes på havet, og bekjempe forurensninger på sjø og strender. Foreningen skal arbeide for småbåthavner og opplagsplasser, og andre tiltak til beste for foreningens medlemmer.